建文四年（1402年）六月十七日，靖难之役以燕王朱棣胜利而告终。朱棣于南京即皇帝位，是为明成祖文皇帝。建文帝朱允炆下落不明。朱棣登基后，为了处理政务之需，决定起用一批资浅而干练的文臣参预机务。八月一日，选侍读解缙、编修黄淮入直文渊阁，同预朝廷机密重务。九月间，又命侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜和胡俨等同直文渊阁，参预机务。七人朝夕侍从左右，协助皇帝办理政事。因其在大内殿阁行事，故称“内阁”。内阁参预机务从此开始。不过，此时的阁臣品秩远在六部尚书之下，而且不设官属，不辖诸司事务。到了明仁宗、明宣宗时，开始由六部尚书兼任大学士，阁职渐崇。明英宗天顺以后，阁权益重。明世宗朱厚熜鉴于前朝宦官专权，更使阁臣的朝位班次列在六部之上。内阁大学士协助皇帝决定方针大计，检准诸司题奏，草拟皇帝诏令，俨然成为百官之长。
永乐元年（1403年）改北平为北京。
永乐三年（1405年）六月十五日，郑和与王景弘奉命第一次出使西洋。其船队总共二万七千八百多人，分乘二百零八艘船，其中，最大长四十四丈、宽十八丈，其次长三十七丈、宽十五丈。船队由苏州刘家河（今江苏刘家港）渡海到福建，又从福州五虎门扬帆启航，开始了长达两年多之远航。
永乐十四年（1416年）于谦十九岁，与翰林董镛女订婚。两年后，正式娶董氏为妻。
永乐十八年（1420年）八月，明成祖朱棣定都北京。又在东华门北设立东厂，专理刺探臣民谋逆妖言、大奸大恶之事。朱棣担心外臣徇私，不能反映实情，特命亲信太监做东厂提督。从此，太监提督东厂，成为常例。太监作为提督，具有随意逮捕、刑讯臣民的特权。朱棣为平衡锦衣卫与东厂权势，既由锦衣卫调充东厂属员，又令东厂太监监视锦衣卫，使之相互依赖、彼此制约，共同对皇帝负责。
永乐十九年（1421年）正月初一，明朝改京师为南京，北京为京师，正式迁都北京。于谦会试中式，主考官大学士杨士奇、侍读周述视其为“国士”。
永乐二十二年（1424年）七月十八日，明成祖朱棣死于第五次北征蒙古回师途中的榆木川（今内蒙古乌珠穆沁东南），年六十五。八月初十，灵柩至京，皇太子朱高炽迎入仁智殿，加殓纳梓宫。九月十日，被奠谥为体天弘道高明广运圣武神功纯仁至孝文皇帝，庙号太宗。葬长陵。事隔百余年后，嘉靖十七年（1538年）改谥为启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝，庙号成祖。太子朱高炽即位，改元洪熙，是为明仁宗。立皇长子朱瞻基为皇太子。进杨士奇、杨荣、杨溥、黄淮、蹇义、金幼孜、夏原吉等秩，又进大学士杨荣工部尚书，从此文渊阁者均相继进尚书，阁