至此，历时两月，兵员数万的“壬申之乱”，以大海人皇子之胜利结束。
8月，高市皇子受命处理善后。近江朝臣重罪八名处斩，其中，右大臣中臣连金斩首，左大臣苏我赤兄、大纳言巨势比等及其子孙，以及中臣连金、苏我果安子孙等，均处以流刑。其中，唯不见纪大人下落，故未被列入惩罚之内。
8月27日，论功行赏，奖赏战功人员。
9月初旬，大海人皇子由不破宫启程，经由桑名、铃鹿、阿闭、名张，12日，抵达大和，9月15日，移居冈本宫。
此后大海人皇子于飞鸟净御原宫即位，称天武天皇。
天武天皇登基之后，也有过一番作为，首先便是改革官僚机构，畿内出身者供职宫中者首先作大舍人，之后再根据其才能酌情授与官职，同时这个大舍人的资格不仅属于官吏，也向庶民开放。
天武天皇一直实行皇族专权的皇亲政治，没有置大臣之职。与此相对的，在行政机构方面也设立太政官和大弁官并立，授与上层官僚贵族无实权的“纳言”一职，天皇的命令主要通过大弁官向地方传达。
还有，天武天皇统治期间，彻底的实行皇亲政治，天武天皇即位伊始，集众书生于川原寺，修纂经文，于次年任命大来皇女为伊势斋王，恢复斋王制。从天武朝开始有新尝祭和大尝祭的区别，这些都保持到了现在。同时营造高市大寺，建造药师寺，以承父亲舒明天皇之遗愿。
除了修建飞鸟净御原宫之外，天武天皇在难波也建造了宫殿。这个难波的宫殿是仿效大唐等国的复都制所建的陪都。藤原京的建造也是开始于天武天皇时代。
天武天皇四年，天武天皇宣布废除氏上民部、家部之制。凡亲王以下诸臣、寺社所有“山泽岛浦，林野陡地”，一律收公，解放部曲为“自由之民”。废除部曲制，旨在切断民部、家部对氏上的从属关系，转而使之加强与皇室的联系，这是削弱贵族势力，提高皇权的重要步骤之一。
同年，天武天皇还颁布了肉食禁止令，从每年农历的5月3日开始到10月27日之间保护幼鱼、禁止食用五畜之肉。之后的日本除了爱吃鱼肉和海产品之外渐渐养成了不吃畜、禽肉的习惯，直到明治维新之后才有所改变。
同年10月，天武天皇准许诸王以下初位以上的皇族、大臣拥有兵备。
在原本的历史上，新罗统一了朝鲜半岛之后，当即派遣使者来到日本，天武天皇也向新罗派遣遣新罗使，与新罗保持外交联系，因此与当时同新罗对立的大唐断绝外交关系。同年，天武天皇规定畿外的人也可以入京作官，首先作为兵卫负责宫城的警护。
天武天皇七年，天武天皇制定官吏的勤务评定和官位升进相关的考选法。同年，天武天皇整顿