攻的第一个设防城市是东部埃及的门户斐尔马仪。经过一个多月的抵抗后，这座城市陷落了，开罗东北的比勒贝斯和其他城市也相继陷落。最后，横跨在尼罗河中罗德洲上的坚强的巴比伦堡，阻塞住前进的道路。
自631年希拉克略重新占领埃及以来，居鲁士一直担任亚历山大港的主教和总督，掌握行政大权。他偕同总司令奥古斯塔里斯?西奥多拉斯，统率大军，赶到巴比伦堡。
阿慕尔驻扎在巴比伦堡外，等待时机和援军。不久，援军就来了，由先知的著名弟子祖拜尔?伊本?奥瓦木统率。阿拉比亚纵队的人数增加到一万左右，拜占廷军队的人数约计二万，还有堡垒的守军五千左右。
在围攻巴比伦堡的期间，阿慕尔又进攻阿因?舍木斯城。拜占廷的军队被彻底击溃了。西奥多拉斯逃到亚历山大港，居鲁士被困在巴比伦堡内。阿拉比亚人加紧围攻，但是苦于不懂工程学，又缺乏攻城的机械，无法克服要塞。狡猾的居鲁士，秘密活动，企图收买围城的将士，但未成功。
平常的三种选择被提出来了：伊斯兰教，贡税或宝剑。居鲁士同意缴纳贡税，他奔到亚历山大港，立即派人把媾和的条款送给东罗马皇帝。希拉克略不认可那些条款，而且以卖国的罪名加于他的主教兼总督，并加以放逐。在这个期间，巴比伦堡仍被围困，并未暂停。围攻七个月后641年7月，阿拉伯人终于攻克了这个城堡。
后来因为西亚攻略，阿拉伯世界对埃及的征服暂时告一段落，当后来奥斯曼统领大军前来征服埃及的时候，又很不走运的遇到了杜睿，最终战败身死。
奥斯曼战死，欧麦尔被刺杀，阿拉伯世界一下子陷入到了混乱之中，在持续了四年时间的伊斯兰内战中，阿慕尔坚定的站在了穆阿维叶一方，反对先知穆罕默德的侄子阿里?伊本?艾比?塔利卜。
后来，阿慕尔同穆阿维叶一起与阿里进行了绥芬战役，作为穆阿维叶军总指挥，在战局呈败势时，献计称以古兰经裁决，在劣势下取得胜利。
在穆阿维叶上台成为哈里发之后，对待阿慕尔也十分器重，他知道阿慕尔一直以来都渴望能够征服埃及，于是穆阿维叶便任命阿慕尔担任了征服埃及的总指挥。
阿慕尔在得到了这个命令之后，十分兴奋，立刻便采取了行动，巴比伦堡已经被征服了，阿慕尔再次出征之后，他的第一个目标，就选择了亚历山大港。
阿慕尔率军两万直扑亚历山大港，一天早晨，他注视着似乎难以攻破的一座城墙，上面有许多碉楼，把埃及的首府和主要的港口保卫得很巩固。巍峨的西拉比阿目宫耸立在那边，这座宫殿曾做过下界之神西拉皮斯的庙宇，又做过亚历山大港的图书馆，美丽的圣马克大礼拜堂原来是恺撒庙，是克利奥帕特拉女王为纪念