甚至为了增添自己的神秘感，天草四郎还将切腹赋予了特殊的意义，他宣称，人的灵魂是宿于肚腹中的，因此，身为一名武士以切腹的方式结束生命，则是将自己的灵魂向外展示，以达到维护自己荣誉的目的。
天草四郎，甚至还将这种残忍的自杀方式，变得系统化，规定剖腹自杀者必须穿着庄重服装，用来剖腹的刀或剑放在他正前方。刀可能用特别的布料垫着。武士会作死亡的心理准备，例如写作称为辞世之句的诗歌。
待他和身旁的介错人助手准备好，剖腹者会揭开身穿的和服，拿起刀剑，捅进自己腹部。剖腹者首先从左至右的切割，然后作稍微向上的第二刀，让其肠脏溢出。切出第二刀之时，介错人进行抱首，即挥刀向剖腹者的脖子斩下，但不完全斩断，让头和脖子仍有一丝牵连。由于这一刀要非常精确，介错人一般要求是剑术高手。
由于天草四郎神使的名分，所以由他提前发明的这种切腹自杀的方式，也被那些疯狂崇拜天草四郎的年轻人们认为是光荣赴义。
切腹虽然是很痛苦的，事实上这种痛苦也是刻意要造成的。切腹者要用一刀以上，切开自己的腹部。由于自己除去内脏过于可怕，所以切腹的方式最后做了修改，变成由切腹者自己划上一刀。第一刀切开腹部之后，由朋友或可信赖的人立即补上慈悲的一刀，砍下切腹者的头。这种来担当补刀的行为的人称之为介错，担任介错的人是非常的荣幸的。
复国军那些元老切腹自杀的时候，担任介错的就大多是新选组的人。
在听到山田左马介说到完不成任务的后果之时，冲田总司显得不屑一顾，嘲笑道：“切腹是一个武士最高的荣誉，如果完不成任务，本人自当切腹，以报答神使大人的信重，怎么？难道山田大人害怕了吗？”
山田左马介闻言，面色顿时一变，拳头攥的越发紧了，他可不认为切腹有什么可光荣的，当初他可是眼看着那些老朋友一个个的以这种残忍的方式离开人世的，光荣？光荣个屁！你们也试试看啊！
不过现在，可不是闹内讧的时候，一想到玩不成任务的下场，山田左马介就不寒而栗，他之所以能活到现在，就是因为谨小慎微，他可不会拿自己的性命开玩笑，虽然早就已经做好了为国家殉难的准备，但是他也不想让自己死的这么没有意义。
“我不想和你们争吵，如果你们有更好的办法，我当然愿意听取你们的意见，但是前提是，我们必须完成任务，这个唐人的身份大不相同，可以说比刘仁轨那个屠夫更加重要，只要杀了他，唐人定然会大乱，大和也就有机会实现重生了，这是国家的大事，容不得儿戏！”
山田左马介的话，冲田总司等人也十分赞同，他们都是些血气方刚的年轻人，同样是为了完成倭国重生