推翻，继之以玛雅盼为首的城邦联盟。1450年玛雅盼政权因内乱而瓦解。当西班牙人登上美洲大陆时，玛雅人的地区已处于分崩离析的状态。
后世的考古学界对玛雅文明湮灭之谜，提出了许多假设，诸如外族入侵，人口爆炸，疾病，气候变化等等，各执已见，给玛雅文明涂上了浓厚神秘的色彩。
为解开这个千古之谜，20世纪80年代未，一支包括考古学家、动物学家和营养学家在内的共45名学者组成的多学科考察队，踏遍了即使是盗墓贼也不敢轻易涉足的常有美洲虎和响尾蛇出没的危地马拉佩藤雨林地区。这支科考队用了6年时间，对约200多处玛雅文明遗址进行了考察，结论是：玛雅文明是因争夺财富及权势的血腥内战，自相残杀而毁灭的。
玛雅人并非是传说中那样热爱和平的民族，相反，在公元300--700年这个全盛期，毗邻城邦的玛雅贵族们一直在进行着争权夺利的战争。玛雅人的战争好像是一场恐怖的体育比赛：战卒们用矛和棒作兵器，袭击其它城市，其目的是抓俘虏，并把他们交给已方祭司，作为向神献祭的礼品，这种祭祀正是玛雅社会崇拜神灵的标志。
玛雅社会曾相当繁荣，农民垦植畦田、梯田和沼泽水田，生产的粮食能供养激增的人口。工匠以燧、石、骨角、贝壳制作艺术品，制作棉织品，雕刻石碑铭文，绘制陶器和壁画。商品交易盛行。
但自公元7世纪中期开始，玛雅社会衰落了。随着政治联姻情况的增多，除长子外的其他王室兄弟受到排挤。一些王子离开家园去寻找新的城市，其余的人则留下来争夺继承权。这种“窝里斗”由原来为祭祀而战，变成了争夺珠宝、奢侈品、王权、美女，战争永无休止，生灵涂炭，贸易中断，城毁乡灭，最后只有10%的人幸存下来。
公元761年，杜斯-彼拉斯城的王宫覆灭可视为玛雅社会衰落的一个起点。杜斯-彼拉斯是方圆1500英里内的中心城邦。它遭到从邻近托玛瑞弟托城来的敌人的攻击。后来被发现的，一个装有13个8岁至55岁的男人的头颅的洞证明该城被攻占时遭到了斩草除根的大屠杀。8天后，胜利者举行了“终结典礼”，砸烂了王座、神庙和刻板。一些贵族逃到附近的阿瓜迪卡城，一个巨大裂缝环绕的天然要塞。
他们在那里苟延残喘了40年，最后还是遭到了敌人的攻占并陷落。公元800年，阿瓜迪卡已是一座鬼城。
公元820年以后，玛雅人舍弃了这片千年间建立了无数城市的佩藤雨林，再也没有返回这片文明的发源地。
自从1839年美国人约翰?斯蒂芬斯在洪都拉斯的热带丛林，第一次发现玛雅古文明遗址以来，世界各国考古人员在中美的丛林和荒原上共发现了170多处被弃的玛雅古代