明朝洪武元年，明朝建立后，朱元璋派遣徐达等将领攻陷大都（也就是顺天），元朝在中原的统治宣告结束，但是元朝并未灭亡。
元朝退守蒙古本部，因国号仍叫大元，以其地处塞北，故称“北元“。
元惠宗出逃大都后，坐镇蒙古继续指挥各路元军镇压民乱，同时聚集兵马，想重新攻占大都，但此后北元几度南征都未能重占大都，1389年，北元在蓝玉率领的明军进攻下灭亡。北方进入鞑靼时期。
建文二年，东贴木儿汗继承全蒙古的汗位之后，其子坤贴木儿继承汗位。阿鲁台任知院，以后又任太师。
这里有个奇妙的地方，东贴木儿汗继任全蒙古的大汗，就不再担任自己小部落的大汗，儿子继任，相当于部落首领。
蒙古就喜欢到处封汗国，有些汗国独立，有些又隶属。
建文四年，布里牙特·乌格齐去“大元“国号，复称蒙古。
永乐三年，蒙古各部在阿鲁台的率领下出兵攻打明朝。当时朱棣还在镇压刚即位的全国动乱，无力对付北方，于是就想到了北方的土尔扈特部落。
土尔扈特部是西蒙古的四部之一，最初活动在今天塔城一带地区。这个部落特别崇尚中原，在清朝的时候还发生了其部落拒绝和沙俄合作，东归中华的大事。
元朝灭亡之后，土尔扈特部落一直是东西蒙古中一支强大的势力，辉特部的秃孛罗称蒙古汗十年，同土尔扈特部落的支持是分不开的。当时在某种意义上可以这样说，明朝和东西蒙古，谁没有土尔扈特部落做支持，谁就无法统治全蒙古。
为了挑拨土尔扈特部落(阿木古朗凯王)和阿鲁台太师之间的关系，以达到远交近攻、分而治之的目的。朱棣多次派使臣和阿木古朗凯王联系安定边疆的事，赏赐了很多钱财、物品，阿木古朗凯王又惊又喜，表示对明朝廷积极予以支持，使明朝很快打败了阿鲁台的势力。
朱棣在1409年封绰罗斯·太平为贤义王，封辉特部秃孛罗为安乐王，封绰罗斯部马哈木为顺宁王，封客列亦惕部太平为贤义王，这就等于安定了整个蒙古族区域。
明朝利用土尔扈特部落稳定了东西蒙古之后，于1409年在蒙古族聚居区授官设治，在各地设卫所，在各部落中设都督、指挥、千户长、百户长和镇抚等官制，其均由各部落中的大小封建主充任。土尔扈特部落与明朝建立了正式臣属关系，明朝政府就从此开始统治全蒙古人民和土尔扈特人民。
但是，这只是表面的。蒙古的鞑靼部落一直在找机会重新统领蒙古，对抗明朝。
永乐十一年，蒙古阿苏特部首领阿鲁台为瓦剌马哈木等所败，处境困窘，于是，率其妻孥部落往南逃窜，在塞外苟延残喘。并向明朝称臣，遣使进贡。