卓家族的兴起，对叶尔羌汗国政治格局产生了很大的影响。随着两派斗争的不断加剧，叶尔羌汗国的政教关系也呈现出新的特点。
起初，叶尔羌汗国的统治者需要利用zj的特殊作用，维护和巩固自己的统治地位。随着zj势力的增强，世俗政权逐渐被zj势力左右。
最后的结果显而易见，由于zj势力极度膨胀，教派和卓势力取代了叶尔羌汗国世俗统治者的地位，建立了一个政j合一的政权。
如果没有高务实的小翅膀扇动，察哈尔不会西迁叶尔羌，那么叶尔羌汗国本来应该能存在166年，到1680年才会被准噶尔征服灭国。
在这段时间里，当地教派力量长期集中在额什丁和卓家族的手中。其家族由于劝导秃黑鲁·帖木儿汗皈依某教有功，一直操纵着汗国内的各种宗教事务，额什丁家族势力当然也就会得到快速发展。
玛合图木阿杂木死后，他的儿子们因争夺教主继承权而分立门户。其中长子依禅卡朗和幼子尹斯哈克的斗争尤为突出，这成为后来白山派与黑山派对立斗争的渊源。
他们进入叶尔羌地区以后，为了广收门徒，扩大自己的影响力，双方矛盾不断深化，逐渐演化成你死我活的流血斗争。
纳合西班底耶教团内部遂分化成两派，一派以尹斯哈克和卓为首，主要把叶尔羌地区作为传教中心，被称之为尹斯哈克耶，即黑山派。
另一派以依禅卡朗的儿子穆罕默德·玉素甫为首，主要把喀什噶尔作为传教中心，被称之为尹萨尼耶，即白山派。
其实，白山派与黑山派在教义教理上并没有太大的分歧，只是在帽子的颜色、仪式和形式上(如黑山派高念齐克尔，白山派则低念)等方面有所区别。两派常为一些没有原则的问题发生纠纷。最后，这种纠纷发展成为争夺统治权的血腥斗争。
白山派与黑山派屡次的斗争，主要表现在政治上。起初，两派斗争的焦点是争夺zj的领导权。但自从穆罕默德·玉素甫和卓与阿帕克和卓父子担任白山派的首领之后，两派斗争的性质也随之发生了变化。从此，两派斗争的实质也就由争夺zj的领导权逐渐演变为争夺世俗的统治权。
白山派与黑山派为了争夺继承权斗争的难分难解，无论是谁都难以取得全面的胜利，于是黑山派尹斯哈克和卓决定向外发展。在接到阿不都·克里木汗的邀请后，他便进入了叶尔羌汗国。
在原历史上，公元1592年，也即万历二十年，阿不都·克里木汗去世以后，其弟穆罕默德汗继位。他的上台本来标志着黑山派和卓势力在政治上取得的重大胜利。直至其统治后期，黑山派和卓势力已经严重干预朝政，并可以真正左右朝政的局势了。
然而，察哈尔人的到来改变了这一历史