臣干吏，然而那时候的朝堂容不下这种实学派残党，那些想借此捞一把的贪腐势力更加不能容忍，最终贺郎中被污蔑陷害罢官离京，后来郁郁而终，令人扼腕。
乾清宫和坤宁宫的重建因为贺胜瑞的卓越才能而顺利完成，但三大殿的重建却最终演变成一场财政灾难，甚至可以看做是敲响了大明的丧钟。
三大殿再次起火的万历二十五年实属多事之秋。这一年，日本关白丰臣秀吉拒绝受封，日本军亦未撤离釜山回国，日将清正统战船二百艘驻扎张营，并同时调动各路人马，准备重新夺回归还朝鲜的战略要地和都市。
正月二十五，朝鲜再一次遣使向大明求援。二月初五，大明朝廷遂召集各官议论朝鲜战局的形势，分析日军的动向。
十一日，再议援朝事宜，决定调宣府、大同和蓟、辽军队七千人，募浙兵三千七百人，并诏令朝鲜设立海防司道官。
十五日，任命原延绥总兵官、都督同知麻贵为备倭总兵官，统帅南北诸军，出师朝鲜，征剿日本侵略军。
三月十五，升山东布政司右参政杨镐为右佥都御史，经略朝鲜军务。
不止是朝鲜乱局再生，这一年播州的杨应龙也出尔反尔，引苗兵攻入四川贵州和湖广；朝堂之上，刑部右侍郎谢杰直谏朱翊钧“节用不如初，勤政不如初”，刑部左侍郎吕坤更是直言朝廷摊派过重，民不聊生。
在这种艰难局面下，已经变得将和文官集团斗争作为战略目标的朱翊钧不仅不肯退让，反倒愤而决定重启三大殿的建设。
此时的大明财政，皇室费用、官俸支出、军费糜耗等日常开支已相当庞大，如何筹措三大殿的巨额修建费用，成了一桩难事。最终还是万历拍板，“迨两宫三殿灾，营建费不赀，始开矿增税”，最简单的表述就是：增税。
中国宫殿的大跨度木质结构，对名贵木材需求量很大，尤其是金丝楠木。这种珍贵木材出产于大明西南的深山老林，开采和运输成本极高。朝廷购置金丝楠木的费用，被摊派到地方，各地不得不加赋一年来凑钱。
而大明特有的皇木采办体系则更是贪腐严重，奉旨太监在地方上吃拿卡要，各省叫苦不迭。[注：前两年看其他书的时候有人议论说金丝楠木只做棺材，此说大谬，真是随便都不肯，却偏要胡说八道。]
朱翊钧的这个决定最终导致了灾难性的财政恶果：户部官员韩光祜上书，弹劾监工太监陈永寿勒索物料，“指一倍百”，导致三大殿光木料成本就高达930万两白银，比嘉靖朝修三大殿高了数百万两。
最终这三大殿的修建，一直到万历的孙子，那个著名的木匠天启皇帝手里才完工，天启年间耗资又接近600多万两白银。也就是说，万历二十五年的那场火，前前后后一共烧掉了