江夏王李道宗就曾对太宗说：“侯君集智小言大，举止不伦，以臣观之，必为戎首。”
太宗问道：“何以知之？”
李道宗回答：“见其恃有微功，深怀矜伐，耻在杜睿小辈之下。虽为尚书，未满其志，非毁时贤，常有不平之语。”
太宗说：“不可亿度，浪生猜贰，其功勋才用，无所不堪，朕岂惜重位？第未到耳。”
这一次太宗虽然也察觉到了侯君集的异状，但太宗是个念旧情的人，不以为意，对待侯君集还是一如既往。
此后，因为魏征过世，太宗命杜睿画功臣图于凌烟阁，侯君集名列其中，位于第十七名，在杜睿之下，这更让侯君集大为不满，时常抱怨太宗。
多年以来积压下来的私怨，再加上自己女儿海棠的位子被人威胁，侯君集终于忍不住爆发了，而且一脚就踏进了这条不归路。
在原本的历史上，侯君集也是因为同样的原因，帮着李承乾谋反，走上了这条路，结果还没等发动，就被太宗快刀斩乱麻的扑灭了。
太宗召见侯君集曾说：“朕不欲令刀笔吏辱公，故自鞫验耳。”
侯君集起初不认罪，太宗便召见侯君集同党详细陈述始末原委，又拿出侯君集与李承乾来往的书信启给他看，侯君集理屈词穷，只得服罪。
侯君集依律当满门抄斩，但侯君集在战争年代战功卓著，一直是太宗的心腹大臣，所以太宗不想杀侯君集，便对文武百官求请道：“往者家国未安，君集实展其力，不忍置之于法。朕将乞其性命，公卿其许我乎？”
但大臣们都认为：“君集之罪，天地所不容，请诛之以明大.法。”
太宗只好对侯君集说：“与公长诀矣，而今而后，但见公遗像耳！”说罢，潸然泪下。侯君集也磕头表示服罪。
侯君集因谋反被杀，并没收了他所有的家产。临刑前，侯君集从容不迫，对监斩官说：“君集岂反者乎，蹉跌至此！然尝为将，破灭二国，颇有微功。为言于陛下，乞令一子以守祭祀。”
太宗闻之，特意开恩，留下了他的妻子和一个儿子，将他们迁到岭南。
历史上的侯君集有三个儿子，但是在这个世界上侯君集却只有一个女儿，如今犯了这等十恶不赦的重罪，侯家基本上也就算是破落了。
纵观侯君集一生，起步平庸，但在争战年代，始终效命于太宗，所以能够平步青云，后来率军远征，克敌制胜，确实有功于国，然而他又弃前功而构后罪，贪赃任性，直至图谋造反。
侯君集也确有宰相之才，魏征就曾向太宗推荐过侯君集，让他任仆射，并说：“国家安不忘危，不可无大将，诸卫兵马宜委君集专知。”
但太宗认为君集喜欢自我夸耀，所以没有重用