康广仁说：“哥，你先走吧，我们都去上海，必然会引起西太后的怀疑和警觉！”
于是康有为准备逃往上海，因为京城已经戒严，康有为想尽了方法，最后，只好躲在粪桶里，从东便门逃出了北京城。晚清京城里的粪便，都是人工推车送到郊外给农民用的。
改革也好，革命也罢，本质上都是一种利益调整，维新变法加大了光绪皇帝的权力，相应地自然会减少慈禧太后的权威，加上康有为对变法的复杂性估计不足，居然准备采取兵围颐和园、杀掉慈禧太后的冒险之策，原本对新法多少有几分支持的慈禧太后彻底和光绪皇帝翻脸。农历9月21日凌晨，天还没亮透，慈禧太后突然带荣禄等人从她的住地颐和园回到紫禁城，宣布将光绪皇帝囚禁于四面环水的瀛台，每天只让太监坐小舟给他送饭，扼杀了不足百日的新政。
慈禧随后还发布训政诏书，下令逮捕杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁、徐致靖等维新人士，并要求地方督抚捕杀在逃的康有为、张荫桓。
刑部主事杨深秀、内阁中书杨锐、刑部主事刘光第，还有康有为的弟弟康广仁，相继被捕，被押赴菜市口的刑场砍头。这时，他们才意识到，对中国的老百姓来说，变不变法跟他们关系不大，这四位一心为民的热血男儿，在临死前并没有受到老百姓英雄般的欢呼，他们坐在囚车里，头上套着沉重的枷锁，他们见到的，是一张张麻木而且喜欢看热闹的脸，不少老百姓都对他们这些罪不容诛的犯人扔来烂菜叶子，白菜梆子，臭鸡蛋，还有两个病痨咳嗽着，拿着雪白的馒头，在等着他们的人头落地，好拿馒头沾一些他们的鲜血治病。
临刑前，刘光第抬起头，很想喊一句：“人死不过头点地，二十年后又是一条好汉！”但一眼，就看到那两张麻木惨白的脸，和他们手中的馒头一样白，终于，他闭上眼睛，什么也没说，然后，刽子手熟练举起大刀，一刀砍下了他的头颅，滚到了一个黑色柳条筐里，他解脱了，眼睛还是闭着，再也不想看这肮脏的世界一眼。
在《申报》上看到维新变法的同伴在菜市口被砍头的消息，康有为赶紧逃离了上海，连夜坐上了去香港的轮船。到了香港，康有为马上向日本驻香港领事上野季三郎寻求政治避难。上野季三郎电报请示日本首相大隈重信，大隈重信觉得如果留着康有为，或许将来还能祸乱中国，于是请上野季三郎转告康有为，他在日本期间将获得“适当的保护”，康有为于是从香港启程去了日本，开始了他的流亡生涯。
康有为出逃日本，守旧派大臣恐光绪皇帝怨于将来，因为光绪毕竟还年轻，要是慈禧在他之前死了，那后果不堪设想，于是纷纷怂恿慈禧太后废掉光绪。
宫内传来慈禧毒杀光绪皇帝的消息，后来又传光绪久病，由太后训政。民间