(此后,杨复恭和昭宗的矛盾逐渐公开化了.杨复恭写信给他在各地的干儿子们,让他们拥兵自立,不给朝廷进贡.昭宗也毫不示弱,于大顺二年891年,
夺了杨复恭的兵权,转而派他到fèng翔做监军.杨复恭针锋相对,留在长安拒不上任,同时,上奏要求回家养老,
以此对昭宗进行要挟.昭宗也不吃他这一套,当即同意了他的请求,免了他的官职,只给他留了一个上将军的空闲职位
.杨复恭看到偷鸡不成反蚀了把米,恼羞成怒,派人将宣布皇帝旨意的使臣杀死于归朝途中,然后自己逃到商山隐居.
不久,他又回到长安昭化坊的官邸,其官邸距离玉山军营很近,他的干儿子杨守信是玉山军使,经常到他家中探望.
杨复恭还给他的侄子兴元节度使杨守亮写信,指示杨守亮要"积粟练兵,不要进奉",公开和昭宗抗衡.
这时候,有人向昭宗密报杨复恭同杨守信合谋造反.昭宗正在等待最有利的时机,于是他乘机把以往搜集到的杨复恭的罪证连同谋反的消息一同公布,
派杨守立等人带兵前逮捕杨复恭.杨复恭令其家人抗拒官兵,杨守信也带兵前来助战,双方发生大战,打了一天一夜.
这时,守卫城门的禁军想趁乱打劫,昭宗命令宰相刘崇望率军守护财物.
防止有人抢劫.刘崇望看到禁军想要动手,斥责道:"皇帝正在亲自督战,你们都是皇帝的宿卫之士.应当前杀贼立功,
而不是趁火打劫."众军士都表示愿意听命,跟着刘崇望前助战.杨复恭看到刘崇望带兵增援,自料难以继续对抗,
于是带领全家出逃,直奔兴元.杨复恭到达兴元后,纠集兵力.向朝廷开战,昭宗也借助各地节度使的力量与之对抗.经过一年多的战斗.杨复恭的军队被李茂贞打败.
最终,杨复恭在逃亡途中被捉,当即被斩.
杨复恭出逃后,杨守立也失了利用价值.昭宗命令两军中尉对他予以铲除.
两军中尉以昭宗的名义诏他入宫觐见.杨守立带了三百士兵来到宫门,宫门侍卫拦住随行军士,只让他一人进宫.杨守立一进宫,即被埋伏的士兵所杀.
杨复恭的事情刚刚摆平,新的危险又来了.此时的李茂贞已经被加封为陇西郡王,势力有了更大的发展,
他开始插手朝廷大事,有了当皇帝的意思.景福二年893年七月,李茂贞在一封写给昭宗的信中嘲笑朝廷软弱可欺.信