入南京城，常延龄功劳不小。
南京六部官员，几乎都牵涉到逆案之中，从南京六部到应天府，四品以上官员全部被抓，罪名皆是从逆，其中也许有冤枉者，但没人会在乎。
至于南京城内的士绅，以钱谦益为首，更是大部分选择从逆，很多士绅被袁崇焕纳入幕府，或者充任各级官员，派往各府县任职。对这些被派出的士绅，等到各府收复，谁也跑不了。而还留在南京城中的士绅，则全部被抓捕，由锦衣卫审其罪行。
“袁崇焕，身为江西巡抚，深受国恩，却做出附逆之事，南京之所以出现此乱，皆由此人而起。臣以为当从重处置，判以腰斩之刑！”袁可立建议道。
抓捕的人太多，审讯处置工作太过繁杂，锦衣卫指挥同知刘文炳抓人言行逼供还行，让他给罪犯定罪却是为难了他，朱由检便给袁可立加左都御史衔，让他总责此事。
“腰斩是不是过轻了？”朱由检微微皱眉。另一个时空，袁崇焕因放纵建奴入关被处以凌迟之刑，说实话，当时施刑过重，建奴绕道蒙古入关抢掠也不能说全是袁崇焕之错，不过是因为其身在蓟辽督师位置上，不得不承担责任而已。
而现在，袁崇焕身为朝廷巡抚，和反贼勾结，拥立废福王世子朱由崧为监国，试图和自己争夺江山，并率二十万大军顺江而下攻打南京，以至于江南糜烂生灵涂炭，犯下了十恶不赦之大罪，如此重罪仅仅腰斩太过便宜了他！
“袁崇焕之罪，罪大恶极，当判以凌迟之刑，非如此不足以震慑人心，不足以为乱臣贼子戒！”朱由检掷地有声道。
“陛下所言甚是！”袁可立点点头，并未多话。恩出于上，罚也出于上，他给袁崇焕定下腰斩，本就有转圜的空间。若是朱由检认为惩罚过于严重，可以降为斩首或者绞刑，若是认为过轻，可以从重升为凌迟。
南京之战，袁崇焕是首罪，当先定下，至于其他人，也大都从重处置。隆平侯张拱日，投降反贼，打开凤台门接引反贼进入外城，以叛逆罪处以腰斩之刑，除爵抄家。魏国公世子徐文爵，率众投降，判以斩首之刑，除爵抄家。便是一直呆在内城的魏国公徐弘基，也以暗中勾结反贼之罪，被判处绞刑，除爵抄家。在南京存在二百多年的魏国公府，大明开国第一功臣徐达一系，从此不复存在。
至于其他投降反贼的勋贵，也都判处斩首除爵抄家，其家人尽皆流放到海南或台湾岛。
接下来便是投降反贼的南京官员，自南京兵部尚书傅振尚一下，从逆的官员一律被判斩首，对此朱由检毫无疑义。当看到钱谦益的名字时，朱由检微微愣了一下。
钱谦益，前礼部侍郎，东林党党魁，天启年间被罢官后一直呆在南京，此次主动归附反贼，深为袁崇焕器重，多次为袁崇焕出谋划策