孵化的蜥蜴蛋逃过一劫。
镜头跳转，几十年之后，太平洋上一艘日本大型捕鱼船正在作业。工人们在甲板上冒着雨，忙碌的将刚捕上来的鱼断切装箱入库。剑桥内只有一名值班的大副看着卫星转播电视打发时间。
突然，船载声纳报警起来，大副赶去查看，发现一个探测器上有一个大型不明物体正在朝他们的船只移动。由于处在碰撞轨道上。他立刻拉响了警报，并通知船长过来检查情况。
船长赶过来时，不明物体已经非常近，而且不管他们怎么喊话，无线电里也没有回复。最终，船体遭到撞击，剧烈的摇晃起来。然后就是哥斯拉出场了。它的身体如此巨大，甚至都不能在这黑夜中完全展示出来。在它的破坏下，捕鱼船很快遭到灾难般的打击。船体倾覆，只有一个老海员早早的穿着救生衣跑到了甲板上。
镜头再次跳转，电影里的主角出现，然后被军方紧急征调。踏上了追寻哥斯拉的旅程。电影的节奏很快，随着哥斯拉在曼哈顿登陆，剧情开始明朗起来。看着哥斯拉那庞大的身躯，沈超没有什么感受，卡斯特也在经历过这两个月的影视轰炸后没什么感觉，但是爱丽丝就比较激动了。沈超又感觉到自己的手被爱丽丝捏疼了。
“你们手上有没有什么武器能杀死这个怪物？”爱丽丝看着大屏幕上的画面问道，电影剧情里，哥斯拉刚刚把它的大脚移开，在它的脚趾间夹缝中侥幸活下来的摄影师激动地几乎不会说话了。
“绝对……没有。这种体积的怪物需要路基或者海基的大型重武器才能消灭掉。我们手上最强的火力也不过是毒刺导弹和重机枪，打这种怪物基本上没有用。”沈超看这屏幕上哥斯拉的巨大背影说道。
电影在继续，由于哥斯拉造成的破坏，军队第一时间赶来并封锁了曼哈顿岛。可是曼哈顿如此巨大，简直就是一片钢铁丛林，即便是哥斯拉体型巨大，依然很快消失的不见踪影。军队紧急疏散了曼哈顿岛上的所有人，然后在城市内开始武装搜索。
当他们发现哥斯拉的挖洞能力之后，军队又不得不在地下设置大量地雷，防止哥斯拉逃出，这时，主角的作用体现出来了。电影里的主角提出可以使用诱饵将哥斯拉引出来消灭掉。军队的指挥官采纳了他的建议，调集了大量的海鲜堆在一起充当诱饵。
很快，哥斯拉成功的被人类引诱出来，但是伏击点地形狭窄，通讯又出现故障。军队没能集中好他们的火力，哥斯拉逃脱了。当剧情进展到哥斯拉用计谋干掉几架追击它的直升机时，爱丽丝不禁发出一阵惊呼。
这还远远没有完，随着电影里主角因为泄密被踢出军队的科研队伍后，剧情进展到了全新的方向，主角开始在找上门的法国特工的帮助下，开始寻找哥斯拉的巢穴，意图找到可能存在的哥斯拉