潜艇部队在作战方面由其兵种指挥官指挥。但涉及到多兵种协同作战计划的问题，则由刘令飞和有关的太平洋舰队各分舰队司令本这着协商一致的原则加以解决。有些人的意见是，应把潜艇部队部署在盟军舰队驶往海上战场所要通过的海域，尤其是海峡附近，而不应把潜艇巡逻线设置在大洋上。
这时，可使用潜艇执行以下几种任务：
1：集中使用潜艇切断敌人通往目标区域的补给线；
2：进行照相侦察，查明预定登陆地域以及与未来作战有关的敌军事设施；
3：空袭时，遂行救生任务；
4：在目标区域或敌基地附近，遂行侦察任务，以查明敌人的动向，并对企图反击之敌进行阻击；
5：拦击企图逃离目标区域的敌舰船。
中华潜艇战绩卓著，而盟军潜艇则相形见绌，对此似有必要略加分析。盟军的各型潜艇普遍吨位小，较陈旧，显然比中华的周级潜艇差得多。但是，曰本新造的伊型潜艇则完全可以与中华国的大型潜艇媲中华。
中华加入战争时，中华太平洋和远东地区的潜艇在数量上与盟军的大致相同。然而，中华国的潜艇大部分是周级的，而盟军潜艇则多是旧型号的。
此外，中华的鱼雷比盟军的更为可靠，速度快，射程远，雷头威力大。当然，盟军潜艇某些技术上的缺陷也在一定程度上影响了潜艇的战斗力。直到战争后期，盟军潜艇还没有装备雷达，水声探测装置远比德国潜艇的落后，在对付水声探测方面还没有什么有效办法。
然而，盟军在潜艇作战方面的失误，主要是曰本统帅部对潜艇的战略使用不当所造成的。曰本海军从未把其强大的潜艇部队用于破坏盟国的商船运输。显然，曰本的战略决策人物对后勤保障在现代战争中的重要作用根本未予重视。
紧靠美国一家的潜艇在对航道进行破坏，可在中华先进的反潜驱逐舰和反潜直升机的配合下，美国方面的潜艇，基本上也很难取得很大的成就，也无法改变战争的态势。
德国曾经强调指出，潜艇是袭击运输舰船的最有效的武器，在德曰还未决裂的时候，并再三敦促曰本使用潜艇袭击美国的护航运输队。曰本对此置之不理，仍然一味使用潜艇袭击对方的军舰。
而中华国潜艇则对盟军的货舱不断进行袭击，使盟军的战争潜力濒于枯竭。在这种情况下，曰本对中华国舰队赖以生存又最易受损的油船和货船却不屑一顾，依然派其潜艇去袭击戒备森严的舰队。
中华军队开始实施越岛作战以后，曰军陷于绝望状态，甚至放弃了以潜艇袭击战斗舰只的企图。可是，此后盟军潜艇的使用更不适宜。为了对被围困的守岛部队进行补给，盟军统帅部根据陆军的要求把潜艇