指挥官脑子的多好使才能适配这么多文明。在一个行星上，也可能有的人已经是核武器，另一些人还在扔石头。如果扔石头的人发生了冲突，作为指挥官，你怎么能用机关枪去解决问题？谁是强者？谁是弱者？如果恃强凌弱，你也会被欺负。联邦法律规定，不对文明使用高于他们文明的武器。简直太英明了，不然落后的只能被团灭。啥都不要争了。但是有的人遵守联邦法律，有的人不遵守。联邦政府又比较弱鸡，这可咋整。
为什么不直接指挥官全权负责呢？又去收税，又负责下级军官的任免，又制定作战计划。真的是你耕田来，你织布。你挑水来，你浇园。那指挥官不是独立了吗？还要上级部门干啥？这些部门只有在集团军以上的单位才有，军长的人命和免职是通过这种手续，级别在低的就没有人权，事权和财权的分立了。也就是军长以下就全权负责了。另外就是军队的机构设置是根据实际需要来的，非常灵活。现在的民兵都没有达到军级建制，所以都是首长负责制，如果在往上，就是军长了，也就是如果李文超要升职，就要上级人事部门认命了。
另外军队管理非常严格，防止大规模杀伤性武器外流。民兵则相对松散，成员复杂，如果让民兵自由拥有大规模杀伤性武器，他们打谁都不一定。所以一般都是正规军提供重武器支援，像李文超这种自己掏钱买的还真是比较少。因为李文超有海盗的钱。花吗！留着干啥，花没了再想办法挣。但问题就是不能太显眼，用了写海盗的武器就被人盯上了，搞这么多钱，如果有人注意实在是不好解释。最重要的，文超不想把海盗这个秘密泄露出去。
再说说两边的政府。两边的的最高行政长官都是选举产生，都有议会，最高行政长官也可以叫做议长。然后就是各种职能部门。首先是税务部，政府这些人天天吵架，没税务局的钱，都得饿死。人事部负责各个部门的人事考核任免。武装力量部负责所有的军队。还有就是其它社会职能部门了，这些职能部门的设置联邦帝国和自由联邦是不同的。
阿古文明也加入了自由联邦，自由联邦在阿古文明设立了阿古星战区指挥部。这个《阿古星战区指挥部》负责协调指挥阿古星附近的所有军事行动，指挥部设置在了阿古星附近的一个比较荒凉的行星上，位置保密。为什么不把指挥部设在阿古星上？因为阿古星上有叛军，一旦位置信息泄露，就很容易受到攻击。指挥官是自由联邦的集团军级别，少将。阿古星的战斗就由少将负责了，人少跟军需处说，协调补给，军械，招人。总之不能打不过。目前在阿古战区还没有下级指挥单位，指挥部就直接指挥附近行星的民兵了。阿古附近空域的没有上级单位的民兵和像李文超这样联邦暗中组织的民兵都归了这个阿古战区指挥。阿古战区总指挥，目前协调阿古行星附近五