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和班禅是西藏黄教领袖宗喀巴的两大传承弟子，后来形成两个不同的传承系统。
喇嘛的称号始于一五七八年，确定于第三世索南嘉措时期。当时他到青海地区传教，说服了土默特部的首领俺答汗皈依佛门，他们在政治上彼此推祟并互赠尊号。俺答汗赠给索南嘉措的尊号：“圣识一切瓦齐尔达喇喇嘛”。
“圣”在佛教中表示超出凡间；“识一切”是普遍通晓之意，认为是显宗方面取得最高成就的人；“瓦齐尔达喇”为梵文，意为执金刚，是在密宗方面有最高成就的人的称号；“”是蒙语“大海”；“喇嘛”是藏语“大师”。合起来说，就是在显宗和密宗两方面都修到最高成就的，超凡入圣而学问渊博犹如大海一样的上师。这个尊号仅是蒙藏代表人物私人之间的互赠，尚不具有政治及法律意义。
当时，俺答汗已受明朝册封为顺义王。索南嘉措托俺答汗代他向明朝皇帝请求册封；他本人也向明朝宰相张居正致函，要求朝廷给他赐封。不久，明朝万历皇帝降旨，赐给他的封文中就有“”的字样。1587年明朝政府正式承认这一称号，并派使节加以敕封。索南嘉措得此称号之始，为三世喇嘛。前两世为后人追认。由此往前追溯，宗喀巴的弟子根敦珠巴为一世，根敦嘉措为二世。
清顺治十年，五世应清帝之邀来到北京。顺治皇帝沿用了俺答汗对三世的尊号，正式册封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇喇嘛”，并授予金册和金印金印刻有汉、满、藏三种文字。从此，“喇嘛”封号开始具有政治意义和法律效力。
一七五一年，清朝为了更好地治理西藏，又令七世喇嘛掌管地方政权，开始政教合一。
一九五九年流亡在印度的是第十四世。
班禅的称号始于一六四五年，当时控制西藏实权的蒙古首领固始汗封称宗喀巴的四传弟子罗桑确吉坚赞为“班禅博克多”。“班”是梵文“班智达”，汉语意为“学者”；“禅”是藏语“钦波”，汉语意为“大”，合起来是“大学者”的意思。“博克多”则是蒙语，指有智有勇的英雄人物。固始汗令罗桑确吉坚赞主持扎什伦布寺，并划分后藏部分地区归他管辖，称为四世班禅。宗喀巴的弟子克珠杰被追认为第一世班禅。
一七一三年，清朝的康熙皇帝正式册封第五世班禅罗桑意希为“班禅额尔德尼”并赐金册金印，称为班禅五世。从此，确立了班禅在格鲁派中的地位。和班禅两个喇嘛系统均采用独特的活佛转世制度。系统转世制始于三世。班禅系统转世制始于四世班禅。除和班禅两大活佛外，一些大的寺院也实行活佛转世制度。藏传佛教认为活佛是永恒的，通过连续不断的“转世”来到世间生活。