患病族人治病采药，赢得了全族的爱戴，同时自身的医道也得以完善，证的混元道果，继伏羲之后又一位成就人族圣皇之位。
神农证道后邀请人族各部落首领齐聚陈都，选举人族下一任共主。被人族推举出来的人选分别为黄帝轩辕，黑帝少昊和在神农离开后，在南方崛起的新兴部落首领蚩尤。
黄帝轩辕和黑帝少昊都是在三族大战中兴起的人族俊杰，然而近年来黄帝一直辅助神农治理人族，在族人中威望仅次于神农，而少昊则一直呆在北方地区，鲜有值得称道的政绩，所以在两人的竞争中，大部分部落首领还是选择了黄帝轩辕，至于南方蚩尤就更加为人所不知，得到的支持者寥寥无几。
神农见黄帝轩辕得到了大多数人的支持，加上心中也认可黄帝的能力，于是在准备了一番后，就将共主之位传于黄帝，而他则追随天皇伏羲隐居火云洞护持人族。
神农的方式虽然公正，但总有不服者，竞争失败的少昊在明白自己错失共主之位的原因后，也不在安于北方，转而投入太昊麾下，协助太昊发展人族天庭，一时间也将天庭治理的蒸蒸日上，从而受到人族敬佩，与太昊一起被尊称为天庭二帝。
而另一位竞争共主失败的蚩尤却另有想法，他认为自己之所以失败，其原因在于黄帝轩辕是神农的亲信，这种想法的来源则是神农在位时，就将黄帝轩辕调入中枢，辅助神农治理人族，由此可见二人关系极好，而自己虽然出生南方，却与神农并不熟悉，所以才失去共主之位。
于是蚩尤回到南方后，并不认可轩辕的共主之位，对轩辕黄帝推行的政策也是挑三拣四，感觉合适的则听从，不合适的则敷衍。同时积极训练士卒，整军备战。
南方的消息自然瞒不了轩辕，在蚩尤多次违抗自己的政令后，轩辕即遣人前去询问。结果蚩尤狂傲，不仅将轩辕的使者羞辱了一番，还将其打出部落。
消息传回陈都后，陈都人族愤愤不平，纷纷向轩辕上书请求讨伐蚩尤。消息传到其他几方人族部落后，东方，西方，北方人族纷纷上书支持轩辕讨伐蚩尤，只有南方部落摄于蚩尤的淫威，不敢表态，既不支持也不反对。
即便如此轩辕黄帝也没有举兵，反而是安抚下受辱的使者后，再次遣使者前去南方，请罪于蚩尤，并向他请教治理人族之法。
据说当时有人向轩辕请教，问他“蚩尤如此挑衅与您，族人们都支持您讨伐他，您为何反而向他请罪并求教？”
轩辕黄帝的回答则是“我不能使蚩尤信服，是我的德行能力不足，自然应向其请罪求教，若是我因蚩尤的挑衅而引起人族打乱，那么我的罪过就更大了！”
听到轩辕的回答，人族彻底被轩辕的品德所折服，就连并不服气的黑帝少昊也感慨说道：“黄帝